В каком формате должны быть номера телефонов в файле для загрузки?

По умолчанию формат значения не имеет. При загрузке система удалит лишние символы, оставив только цифры. 7 или 8 в начале номера при звонке поменяются на необходимую для провайдера телефонии цифру. Перед 10-тизначным номером тоже подставится нужная цифра.

Очистка телефонов отключается в форме загрузки контактов флагом Производить чистку телефонных номеров, однако этот флаг лучше не снимать. Если для каких-то целей телефоны нужны в исходном виде, то перед загрузкой файла необходимо сделать копию колонки с телефонами и загрузить этот файл, выбрав в форме загрузки пункт Телефоны, а также поля с дополнительными данными и на следующем шаге указав типы значений:

первое поле – Телефон,
второе – Поле с данными.

Далее телефон в исходном виде можно получать по имени второго поля.