Почему телефоны с проставленными вручную статусами снова попадают в работу?

Наиболее вероятная причина – контакты загружались в DEX без проверки на дубли.

Проверить это просто. В разделе Звонки найдите все звонки по проблемному номеру телефона. Здесь можно поставить фильтр по периоду.

В списке с найденными звонками будет указано имя базы контактов. Если оно в некоторых строках разное – значит один и тот же номер находится в разных базах. Если база одинаковая, то по очереди нажимайте на звонки и смотрите в поле ID контакта на числа. Если они разные, то значит дубли внутри одной базы.

Другой способ проверить – выгрузить все контакты в файл и искать по номеру в нём. Если есть дубли, то телефон будет встречаться более, чем в одной строке. Однако, если контактов много, выгрузка создаст большую нагрузку на систему.